Het Scheepvaartmuseum wil in uiterlijk 2030 een eco-positief museum zijn. De afgelopen jaren zijn op alle gebouwonderdelen – asset, beheer en gebruik – BREEAM-certificaten behaald. Daarnaast was een belangrijk doel is het verlagen van het energieverbruik binnen de bestaande huisvesting. Door het realiseren van een Warmte Koude Opslag (WKO) is het gasverbruik in 2022 spectaculair gedaald (-94%). Ook het creëren van extra geklimatiseerde tentoonstellingszalen heeft het energieverbruik verminderd.